中共中央、國務院印發的《海南自由貿易港建設總體方案》(以下簡稱《總體方案》)指出，2025年前，適時啟動海南全島封關運作，建設海關監管特殊區域。
《總體方案》指出，海南自貿港建設有五大基本原則：借鑒國際經驗、體現中國特色、符合海南定位、突出改革創新、堅持底線思維。
海南自貿港的實施范圍為海南島全島。到2025年將初步建立以貿易自由便利和投資自由便利為重點的自由貿易港政策制度體系，到2035年成為中國開放型經濟新高地，到本世紀中葉全面建成具有較強國際影響力的高水平自由貿易港。
在制度設計方面，《總體方案》對貿易自由便利、投資自由便利、跨境資金流動自由便利、人員進出自由便利、運輸來往自由便利和數據安全有序流動均作出詳細安排，將實施跨境服務貿易負面清單制度，對外商投資實施準入前國民待遇加負面清單模式等管理。
在稅收制度方面。按照海南自由貿易港建設的不同階段，分步驟實施零關稅、低稅率、簡稅制的安排，最終形成具有國際競爭力的稅收制度。
在社會治理方面，《總體方案》要求深化政府機構改革，推動政府職能轉變，鼓勵區塊鏈等技術集成應用于治理體系和治理能力現代化，構建系統完備、科學規范、運行有效的自由貿易港治理體系。
在法治制度方面，《總體方案》表明，建立以海南自由貿易港法為基礎，以地方性法規和商事糾紛解決機制為重要組成的自由貿易港法治體系，營造國際一流的自由貿易港法治環境。
《總體方案》還指出，海南自貿港要注意風險防控。制定實施有效措施，有針對性防范化解貿易、投資、金融、數據流動、生態和公共衛生等領域重大風險。
《總體方案》強調，海南是中國最大的經濟特區，具有實施全面深化改革和試驗最高水平開放政策的獨特優勢。
《總體方案》稱，當今世界正在經歷新一輪大發展大變革大調整，保護主義、單邊主義抬頭，經濟全球化遭遇更大的逆風和回頭浪。在海南建設自由貿易港，是推進高水平開放，建立開放型經濟新體制的根本要求。海南自由貿易港將打造成為引領中國新時代對外開放的鮮明旗幟和重要開放門戶。